EBS Üliõpilasesinduse juhatuse on valinud iga eriala esindajad ehk Üliõpilasesinduse esinduskogu liikmed. Juhatuse ees­märk on üheaastase volituse ajal seista hea püsti­tatud ees­märkide ellu­viimise, üliõpilas­esinduse arenda­mise ja selle töötajate moti­veerimise eest.

Juhatuse kolme­liikme­line mees­kond koosneb esi­mehest ja kahest ase­esi­mehest, kes koos esinduskoguga vastu­tavad paika­pandud ees­märkide reali­seeri­mise eest. Igal juhatuse liikmel on kohustus vastu­tada üliõpilas­esinduse institut­sioonide funktsio­neerimise ja arengu eest.

Lisaks on juhatuse kohus osaleda EBSi Senati koosolekutel ja koordineerida üliõpilas­esinduse suhtlust nii üli­kooli administrat­siooni ja osakonda­dega kui ka teiste organi­sat­sioo­ni­dega väljas­pool ülikooli, sh Eesti Üliõpilas­kondade Liidu, Tallinna Üliõpilaskondade Ümar­laua ja Erasmus Student Networkiga.